Trước khi Yeltsin từ chức, Primakov ủng hộ phái Tổ quốc - Toàn Nga, ở thời điểm đó là phe đối lập chính của Đảng thống nhất) ủng hộ Putin và cuộc tranh cử tổng thống của ông. Ban đầu được coi là người có nhiều tiềm năng, Primakov nhanh chóng bị các phái trung thành với Vladimir Putin vượt qua trong cuộc bầu cử Duma tháng 12 năm 1999. Primakov chính thức từ bỏ chạy đua vào chức tổng thống trong bài phát biểu trên TV ngày 4 tháng 2 năm 2000 Lưu trữ 2011-06-06 tại Wayback Machine chưa đầy hai tháng trước cuộc bầu cử tổng thống ngày 26 tháng 3. Ngay sau đó ông trở thành cố vấn và đồng minh chính trị của Putin. Ngày 14 tháng 12 năm 2001, Primakov trở thành Chủ tịch Phòng Thương mại và Công nghiệp Nga.

Tháng 2 và tháng 3 năm 2003, ông tới thăm Iraq và đàm phán với Tổng thống Iraq Saddam Hussein, với tư cách đại diện đặc biệt của Tổng thống Vladimir Putin. Ông mang tới Baghdad một thông điệp từ Putin kêu gọi Saddam tự nguyện từ chức.[10] Ông đã tìm cách ngăn chặn cuộc xâm lược Iraq năm 2003 của Hoa Kỳ, một động thái nhận được một số sự ủng hộ từ nhiều quốc gia phản đối cuộc chiến. Primakov đã đề xuất rằng Saddam phải trao lại toàn bộ vũ khí huỷ diệt hàng loạt của Iraq cho Liên hiệp quốc, trong số những điều khác.[11] Primakov nhớ lại "Saddam đã đập vào khuỷu tay tôi và đi ra ngoài phòng".[11] Saddam thể hiện sự tin cậy rằng không có điều gì tồi tệ sẽ xảy ra với cá nhân ông. Theo ý kiến của Primakov, lòng tin này là kết quả của mối quan hệ mật của Iraq với Hoa Kỳ, và sự hành quyết nhanh chóng Saddam không cho phép ông ta "nói lời cuối cùng" để phơi bày toàn bộ trò chơi. "Và nếu ông ta đã nói ra toàn bộ điều đó, Tổng thống Hoa Kỳ hiện tại sẽ khó ngồi yên trên ghế của mình", Primakov khẳng định.[10]

Tháng 11 năm 2004, Primakov được thử nghiệm trong sứ mạng bảo vệ Tổng thống Slobodan Milošević của Nam Tư cũ, đang bị xét xử vì các tội ác chiến tranh. Trước đó, ông là lãnh đạo phái đoàn Nga gặp gỡ Slobodan Milosevic khi NATO ném bom Nam Tư.

Tới tháng 12 năm 2007, Primakov là Chủ tịch Phòng Thương mại và Công nghiệp. Tới ngày 11 tháng 12 năm 2007, ông nói trong một cuộc gặp gỡ với Putin rằng tiến trình mà Putin đang theo đuổi phải được tiếp tục, bởi Putin đang chuẩn bị rời ghế tổng thống năm 2008. Ông nói rằng có hai đe doạ với tiến trình này: một từ phía những người tự do mới và giới đầu sỏ chính trị, và một từ những người đang tìm cách phối hợp "cơ cấu nhà nước với kinh doanh" nhằm tạo ra một "xã hội thị trường hành chính".[12]